아틀란티스의 융성과 몰락 과정을 살펴보면, 크게 세 제국으로 그 역사가 나뉘었음을 알게 된다.  첫번째 역사적 구분은 구제국이라고 불려진다 (40만년 전부터 기원전 2만 5천년까지 지속). 구제국은 레무리아와 공존했고 끝내는 그 파괴를 꾀했다.

두번째 역사적 구분은 중기 제국 (기원전 약 2만 5천년에서 기원전 1만 5천년까지 지속)이라고 불려지며, 이것은 지구상에서 최초로 형성된 진정한 의미의 계층제 통치 국가였다.  마지막 기간은 신제국 (기원전 1만 5천년에서 기원전 1만년까지) 이라고 불렸다.  이 시대는 아틀란티스 역사의 마지막을 이루는 최종적 알력과 파괴에 관한 모든 전설들을 포함하고 있다.

아틀란트스는 그 최후 소멸의 순간에 지구인간을 유전학적으로 격하된 돌연변이 상태로 남겨 놓았기 때문에, 여러분은 아직도 그 피해를 입고 있다.  그러나 인류가 점차 깨닫고 있듯이, 이것은 곧 바로 잡아지게 될 일시적인 상태에 지나지 않는다.

지금부터 약 2만 5천년 전에 존재했던 레무리아의 파멸에 뒤이어진 중기 제국 시대의 아틀란티스를 이제 살펴보자.  레무리아의 파멸 후에 아틀란티스 사회의 중추는 지구와 그 제국들을 어떻게 재건하느냐는 어려운 문제에 직면했다.  아틀란티스 사람들은 완전한 권력자의 지위는 차지하되, 다른 제국들이 아틀란티스의 종주권 안에서 그대로 공존하는 것은 허용하기를 원했다.  이런 일련의 욕망은  어려움을 초래했다.

첫 시도는 레무리아식 씨족 구조를 방대한 규모로 개편하고, 레무리아의 전통적인 사회 개념들을 아틀란티스식의 중추 구조로 대치할 정부의 수립이었다.  시작부터 이러한 시도들은 전혀 성공을 거두지 못했고,  그로 인해 지구의 도처에서 잇따른 여러 내란이 일어나기 시작했다.  이 내란들은 아주 소규모이긴 했지만 매우 다루기 어려운 양상을 띄고 있었다.

아틀란티스인들은 그에 앞서 행성 말데크의 인공적 달을 끌어다 놓았었는데, 그들은 가이아 여신이 물리적으로 균형을 취하게 하는데 이것을 사용했다.  이제 바라던 군사적 우위를 확보하고 여러 내란과 반란을 종식시키기 위해서 그들은 이 달을 이용하려고 했다.

반란은 중기 제국의 1만년 기간 전체에 걸쳐 계속되었고, 아틀란티스 사회의 중추 엘리트 세력들은 이로 인해 많은 자기 분석과 함께 당황함을 느끼지 않을 수 없었다.

그렇게되자 여러 다양한 태양계 안의 전초기지에서 온 교활한 변절자들은 침투자들을 보내서 아틀란티스 사회의 중추 세력과, 새로 세워진 씨족들의 운영심의회를 접수하기 시작했다.  침투해온 변절자들은 반 레무리아 당파에 반대하는 아틀란티스 사회의 중추에서 그 책임을 물어 그들을 강력히 응징할 것을 중장했다.

이와 같은 강한 요구는 공포정치, 고문 그리고 인권을 무시한 엄한 심문의 통치를 초래했고, 아틀란티스 사회의 중추로 하여금 극도로 마음이 동요하고 의견이 갈라지게 했다.